大多数病原体通过呼吸道、肠粘膜、皮肤病变或泌尿生殖道进入宿，NOI个遇到的就是在粘膜下组织中的巨噬细胞，它们通常是NOI个遇到病原体的防御细胞。一旦微生物进入宿主并开始复制，它就被其中一种吞噬细胞所识别，并被吞噬形成吞噬溶酶体，然后再经过酸化和酶处理，产生高活性一氧化氮和超氧自由基来杀死病原体，这一过程称为吞噬作用。

一般来说，巨噬细胞可根据其功能和活化程度分为两个亚型：经典激活的M1巨噬细胞和交替激活的M2巨噬细胞。

M1巨噬细胞主要通过先天性和适应性免疫反应在Th1细胞募集、病原体抵抗和肿瘤控制中发挥作用，在免疫失调疾病例如系统性红斑性狼疮，多发性硬化症，类风湿关节炎等会有高量的M1巨噬细胞存在。

交替激活的M2巨噬细胞在病原体寄生虫清除、抗炎反应和代谢、伤口愈合、组织重塑、免疫调节、肿瘤进展和恶性肿瘤中发挥作用，与M2细胞典型相关疾病就是过敏和哮喘。